Спасибо! Пока ждал ответ – заменил manage_options на manage_woocommerce – плагин все равно имеет обязательные зависимости от woocommerce, причем заменил только на основной странице настроек, так как режим отладки и логов опять же не нужно ковырять менеджеру магазина.
Я бы предложить создать свою кастомную capability, как это сделано во многих плагинах, чтобы доступ к работе с YML Маркет можно было регулировать с помощью популярных Members или Capabilities Manager.
