Leva888

Добавил в functions.php темы, но # в ссылках не пропал.

Ясно. Попробуем исправить.
Спасибо.

С другой стороны страницы построенные вот так https://yadi.sk/i/pH4uZN4-hqqtSg
нормально появляются https://yadi.sk/i/V-QdAR7ot5NWZw

Т.е. шаблон с контентом плагину никак не подсунуть?

Помогло. Спасибо.
Думаю стоит это включить в вопрос-ответ в описании плагина.
Очень полезная информация.