Acabei de verificar meu log e parece que está tudo normal, afinal o status que aparece é o 200.
186.234.48.9 - - [02/Mar/2017:15:30:22 -0800] "POST /wc-api/WC_PagSeguro_Gateway/ HTTP/1.1" 200 67043 "-" "Jakarta Commons-HttpClient/3.1"
Será que tem algum outro motivo para o WC n?o alterar o status das compras?