Apreciado usuarios, lamentamos los problemas que has estado teniendo, hemos publicado una nueva versión del plugin que soluciona muchos de estos problemas que has experimentado.
En el caso concreto de eliminar un pedido, el plugin nunca te eliminará la factura si ya está sincronizada ya que puede descuadrar tu contabilidad dejando agujeros. El procedimiento sería pasar el pedido a estado reembolsado para que el propio plugin, te genere una factura de abono.