Hola @lingerierame
Tengo exactamente el mismo problema. El plugin está tomando el costo de envío como si fuese un producto adicional en el carro y por tanto, cobra comisión sobre ello.
He intentado contactar con la ayuda de chat de mercadopago pero no tienen idea de lo que les estoy hablando. Sus respuestas suelen ser estándar como la que te dieron arriba.
Luego, me encontré con este post. Del código sugerido, solamente encontré las líneas para hacer el segundo cambio, pero no el primero (woocommerce-mercadopago/includes/payments/hooks/WC_WooMercadoPago_Hook_Abstract.php)
Te agradecería si nos pudieras indicar con qué inicia la línea 123, ya que en el plugin actual, la línea 123 no tiene texto. Intenté buscar en líneas similares, cambié unas líneas que inidicaban cart-subtotal, pero eché a perder el plugin jaja
