Hola. Una alternativa más sencilla a la solución de @dornstudio es hardcodear la opción en el código.
En el archivo:
/plugins/woocommerce-mercadopago/includes/module/preference/WC_WooMercadoPago_PreferenceAbstract.php
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$_mp_currency_conversion_v1 = get_option('_mp_currency_conversion_v1', '');
y agregar
$_mp_currency_conversion_v1 = 1;
