Se o seu produto n?o possui estoque em teoria ele n?o poderia nem ir para tela de checkout, pois “n?o pode ser vendido”. Mas se deseja invenstir tempo nisso e sabe oque faz, as parcelas s?o controladas no JS pelo arquivo https://github.com/claudiosanches/woocommerce-pagseguro/blob/master/assets/js/frontend/transparent-checkout.js
Na linha 283 você precisa alterar a estrutura de repeti??o para apenas o limite que você precisa aqui
$.each( data.installments[brand], function( index, installment ) {
instalmments.append( pagSeguroGetInstallmentOption( installment ) );
});
Antes disso precisa reduzir o array para 0 caso o seu estoque seja == 0:
data.installments[brand].length = 0;
No caso n?o sei como você vai acessar a quantidade de estoque no JS mas é aqui que as parcelas s?o apresentadas no checkout transparente.
Ah, lembrando tb que o arquivo .min.js precisa ser substituito pelo seu novo .js após as altera??es.