Hola @eucho, tras revisar el código del plugin que indicas sentimos decirte que no es compatible ya que no utiliza la dirección de facturación nativa de WooCommerce, si no que la genera leyendo los campos nativos uno a uno.
Sin embargo puedes personalizar las plantillas que están /packing-slip-templates/ps-classic.php
y /shipping-label-templates/sl-classic.php
copiándolas en tu tema hijo con la ruta your-theme/pdf-invoices-and-packing-slips-for-woocommerce-pro/packing-slip-templates/ps-classic.php
y your-theme/pdf-invoices-and-packing-slips-for-woocommerce-pro/shipping-label-templates/sl-classic.php
y metiéndole el campo NIF/CIF/NIE sin problema alguno ya que dispones del objeto $order
en cada una de ellas.
Sentimos que no sea compatible de forma automática.
Un saludo.