Да что вы говорите. Как-раз таки ошибка напрямую связана с плагином, т.к. именно действия плагина вызывают эту ошибку, и ничто иное. И клиента не должно волновать, что плагин обращается к какой-то неработающей в Woocommerce функциональности. С другими установленными плагинами таких проблемы нет.
По поводу расчетов у меня есть работающий сайт с работающей интеграцией (на другом движке) и мне есть с чем сравнить.
Оправдание что сервер СДЭК отвечает за расчеты, легко кроется аргументом, что для этого у программист должен написать ПРАВИЛЬНЫЙ код, который должен сформировать и передать ПРАВИЛЬНЫЕ параметры для расчета. Я вижу расхождение более чем в 2 раза по стоимости в большую сторону, а значит в вашем случае параметры правильно не формируются и прикрываться сервером СДЭКа не стоит, это “как минимум некрасиво”.