Вывести все метки из базы на одной карте

@dimalepel, вы можете это сделать с помощью метода the_yandex_map

https://github.com/constlab/acf-yandex-map/blob/master/acf-yandex-map.php#L40

Например:
the_yandex_map('map_field_slug', 66);

Первый параметр это алиас поля, второй ID страницы или поста от куда надо вывести карту

А если это все записи/посты? Что нужно вставить?

@dimalepel в таком случае нужно сначала собрать данные со страниц, а затем вывести. Вот рабочий вариант:

Предполагается, что страница вывода (например главная) тоже имеет доп.поле ‘Yandex Map for ACF’. В это поле не нужно добавлять метки.
Из него будут браться общие параметры карты (начальные координаты, слой и т.д.)

functions.php

/**
 * @param array $post_ids ID записей от куда надо взять метки
 */
function the_multiple_yandex_map($post_ids = array())
{
    $marks = array(); // Все метки
    $marks_counter = 1;

    foreach ($post_ids as $post_id) {
        $data = (array)json_decode(get_field('map_field', $post_id, false), true); // загрузка меток из записи
        if (!isset($data['marks']) || !is_array($data['marks'])) {
            continue;
        }

        foreach ((array)$data['marks'] as $mark) {
            $mark['id'] = $marks_counter;
            $marks[] = $mark;

            $marks_counter++;
        }
    }

    $map_data = (array)json_decode(get_field('map_field', get_the_ID(), false), true); // загрузка параметров карты для вывода всех меток
    $map_data['marks'] = $marks;

    the_yandex_map('', false, json_encode($map_data));
}

А в шаблоне функцию нужно вызвать так:

the_multiple_yandex_map(array(1,5));

В качестве аргумента функции массив с идентификаторами записей от куда нужно взять метки.